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Criado em 22 de dezembro de 1993, o CEPNOR tem como objetivo executar pesquisas para a conservação da biodiversidade marinha no norte do Brasil. Atuando em um território que se estende do Oiapoque (AP) ao Delta da Parnaiba (PI), área essa com alta exploração pesqueira, o CEPNOR desenvolve ações de monitoramento, gestão e suporte técnico que visem a preservação de espécies marinhas nessas áreas. A costa norte do Brasil ainda corresponde a maior faixa de mangue do mundo, e nela estão inseridas diversas Unidades de Conservação Federais as quais o CEPNOR tem como meta auxiliar na gestão e elaboração de seus Planos de Manejo.