Em 2018, o CBC reorganizou sua diretrizes e, junto com a presidência do ICMBio e Coordenações da DIBIO (Diretoria de Pesquisa, Avaliação e Monitoramento da Biodiversidade), traçou novos caminhos em seu planejamento estratégico para o período de 2018 à 2021.
Dessa forma, foi definida como missão do CBC:
PROMOVER A CONSERVAÇÃO DA BIODIVERSIDADE, ESPECIALMENTE NO CERRADO, POR MEIO DA PRODUÇÃO, GESTÃO E APLICAÇÃO DO CONHECIMENTO E COORDENAR A AVALIAÇÃO DO RISCO DE EXTINÇÃO DE ESPÉCIES E DE COLAPSO DE ECOSSISTEMAS BRASILEIROS.
Foi também definida a visão de futuro do Centro, como:
CONSOLIDAR-SE COMO PROTAGONISTA NA AVALIAÇÃO DO RISCO DE EXTINÇÃO DE ESPÉCIES DA FAUNA BRASILEIRA E SE TORNAR REFERÊNCIA EM PESQUISA, PLANEJAMENTO E IMPLEMENTAÇÃO DE AÇÕES VOLTADAS À CONSERVAÇÃO DO CERRADO, AO MANEJO DE ESPÉCIES EXÓTICAS INVASORAS, À RECUPERAÇÃO DE POPULAÇÕES DA FLORA AMEAÇADA, À RESTAURAÇÃO DE ECOSSISTEMAS E MONITORAMENTO DA BIODIVERSIDADE DE AMBIENTES CAMPESTRES E SAVÂNICOS.
