O Cerrado é uma das 25 áreas do mundo críticas para a conservação devido a sua rica biodiversidade e à alta pressão antrópica que vem sofrendo (MMA, 2002). A crescente ocupação humana vem alterando a paisagem natural ao longo do tempo, formando um mosaico de áreas em diversos estágios de ocupação e perturbação, podendo causar perda da diversidade de espécies e variabilidade genética (Brown Jr. & Gifford, 2002). Segundo Coutinho (2000), cerca de 45% da área do Domínio do Cerrado foi convertida em pastagens cultivadas e lavouras diversas. Apenas 1,2 % está em área protegida (Scariot & Sevilha, 2003). No Estado de São Paulo, nos últimos 20 anos, mais de 95% da área de campos e campos cerrados foi destruída para a formação de pastagens e agricultura (Martins, 2001). Neste cenário de taxas crescentes de conversão de ambientes naturais em antrópicos, perde-se muito da diversidade específica destas áreas, sem conhecimento. Embora possa ocorrer um aumento da diversidade em ambientes heterogêneos, em regimes de perturbação natural, ações antrópicas podem ocasionar erosão gênica e diminuição da diversidade de espécies, podendo causar grandes perdas em populações, comunidades e ecossistemas.
Em relação à biota aquática das bacias hidrográficas do Cerrado, as principais ameaças são o desmatamento, a poluição industrial e doméstica, os insumos aplicados à agricultura, a construção de barragens e aterros, que modificam os hábitats necessários à sobrevivência dessa fauna (Ribeiro, M.C.L.B., 2007). O represamento é o fator antrópico mais dramático que afeta os ambientes fluviais, pois estes são definidos grandemente pela sua hidrologia. Alterações no regime de fluência em rios por atividades humanas causam mudanças na composição de espécies, na densidade populacional, no movimento da biodiversidade, influenciam a qualidade da água, o hábitat físico e as interações bióticas (Saunders et al. 2002; Park et al. 2003). O impedimento da migração e do deslocamento causado pelas barreiras também isola as populações, aumentando a taxa de extinção por meio de eventos estocásticos, genéticos, demográficos e ambientais (Morita & Yamamoto, 2002). Essas pressões ambientais têm levado à degradação do hábitat fluvial, onde muitas espécies correm o risco de desaparecer em futuro próximo (Saunders et al. 2002). Na América do Sul, o represamento de rios é a prática mais comum nas bacias hidrográficas, especialmente para a produção de eletricidade. Atualmente, quase todas as grandes bacias são represadas ou influenciadas em algum grau por barragens e reservatórios. Estimativas indicavam, em 2000, a existência de mais de 700 grandes reservatórios somente no Brasil (Pringle et al, 2000). O uso da água para a irrigação também pode afetar a sobrevivência das espécies fluviais, assim como o tráfego intensivo e não-regulamentado de embarcações, enquanto os animais estão se alimentando e descansando, pode causar prejuízos em longo prazo para essas populações (Reeves et al., 2003).
A primeira lista de espécies da flora ameaçada de extinção foi publicada em 1992 (Portaria no. 37-N, 3/04/1992, identificando 108 espécies de plantas vasculares ameaçadas. Em 2005, a nova revisão da lista, da Fundação Biodiversitas, aumentou para 1550 espécies (subespécies e variedades) ameaçadas da flora, sendo 580 delas reportadas para o Cerrado. A lista do IBGE (2005), entretanto, incrementou a lista em 45 táxons ameaçados para o bioma Cerrado, totalizando 624 táxons específicos e infra-específicos, sendo 453 dicotiledôneas, 156 monocotiledôneas e 15 pteridófitas (Rivera et al. 2010). Em relação à fauna, são 138 as espécies ameaçadas para o bioma Cerrado, dos quais 43 são invertebrados e 95 são vertebrados.
